Sim, eu tive vários momentos assim. Não há muitas opções para ser franco e nenhuma delas é ideal.
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Execute o jogo no modo de janela (dentro da área de trabalho virtual) e execute a área de trabalho em resolução total. Ele se tornará tela cheia (acima das barras) e então você poderá obter a janela do jogo o maior que puder. Nem todos os jogos permitem isso, mas são mais simples do que o resto das opções.
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Corte o compiz para que ele segmente sua janela do Wine para o modo de tela cheia (nem sempre funciona se o aplicativo alterar a resolução após o carregamento)
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Execute o jogo em uma instância separada do servidor X . Indiscutivelmente melhor desempenho porque o Compiz não está compondo a janela.
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Use o KDE. O Kwin (o gerenciador de janelas) pode forçar as janelas a ficarem sempre no topo e soltar suas bordas ao mesmo tempo. Isso certamente simplificou as coisas para mim, mas é um grande investimento emocional.