Você tentou sudo rm -fr /root/.local/share/Trash/files/recup_dir* para as pastas recup_dir ?. O mesmo para os outros que aparecem.
UPDATE -
Se você realmente quiser excluir todos eles E tiver certeza de que eles não criarão nenhum problema com o sistema ou que você tem arquivos adicionais com a palavra "Lixeira" neles (como arquivos de música ou vídeo), então você pode faça o seguinte:
sudo find / -type d -name '*Trash*' -exec rm -fr {} \;
Isso excluirá TUDO com o nome "Lixeira" neles em todos os lugares montados.
Se você receber um erro como o seguinte:
find: '/home/cyrex/.local/share/Trash': No such file or directory
find: '/media/cyrex/xtreme/.Trash-1000': No such file or directory
isso significa que uma exclusão anterior já eliminou a pasta, então o resto que foi encontrado na mesma pasta já foi eliminado. Não precisa se preocupar com isso.
Você pode verificar novamente se tudo foi excluído executando o comando novamente.
Isso criará um problema com o ícone Lixeira no Unity, já que ele ainda será exibido como COMPLETO.