Eu pessoalmente uso o desktop em casa. Ele me permite ter um pc de logon remoto, pc de home theater e um servidor web tudo em um.
em um ambiente de negócios, o servidor é melhor. tendo trabalhado com ambos, você tem que avaliar como vai usá-lo. É importante para mim ter essa área de trabalho remota e o servidor da web. suas circunstâncias são provavelmente diferentes.