Se você tem o Ubuntu e o Windows já instalados em partições separadas (isto é, o Ubuntu não foi instalado usando o Wubi ), acho que é só uma questão de inicializar no Ubuntu e de lá (1) reformatar as partições do Windows usando seu sistema de arquivos de sua escolha (ext4 por exemplo) e (2) executando sudo update-grub
para remover automaticamente o Windows da lista do GRUB.
Na sua pergunta, não entendo por que você está tentando inicializar a partir do CD. Se o Ubuntu já estiver instalado, não deve haver necessidade. Talvez eu esteja perdendo alguma coisa? De qualquer forma, se a sequência de inicialização for direto para o GRUB, pode ser que:
- a inicialização a partir do CD não está ativada nas configurações da BIOS ou depois do HDD na sequência
- o CD está danificado