Primeiro, verifique se não há telas de erro ocultas. Às vezes, os processos filhos têm problemas e o erro ou a caixa de confirmação não obtém foco e só podem ser encontrados minimizando os aplicativos em primeiro plano. (em um caso nos deparamos com a caixa de confirmação em um espaço de trabalho diferente - veja a pergunta sobre a execução do rapidminer).
Uma alternativa ao chá gelado pode ser instalar o Oracle java JDK. Webupd8.org fez um ppa para isso você pode usar:
sudo add-apt-repository ppa:webupd8team/java
sudo apt-get update
sudo apt-get install oracle-java7-installer
Você pode querer ver as Webupd8 relevantes página.
Se você ainda tiver um problema, pode ser necessário remover o plugin do chá gelado.
Edit: Eu estou supondo que quando você diz "java atualizado" que você quer dizer openJDK. A Oracle mudou seu licenciamento para que o java não possa mais ser fornecido com o Ubuntu, ou mesmo estar em qualquer repositório; daí a necessidade do PPA webupd8.