Se você for formatar o sistema de arquivos de qualquer maneira, você pode apenas usar a opção -E discard
para mke2fs
para cortar as partes não usadas do disco. e2fsck
também suporta a mesma opção para que você possa aparar o fs enquanto o verifica em vez de formatá-lo.
sudo mke2fs -E discard -T ext4 /dev/sdaX
sudo e2fsck -E discard /dev/sdaX