suas configurações são basicamente armazenadas em sua pasta / home / YourUsername (pasta base, ou apenas ~ /), portanto, se você fizer o backup, todas as DEFINIÇÕES, e não suas aplicações, serão restauradas. mas você pode reinstalá-los facilmente através do centro de software.
Eu sugiro que você divida todo o seu hardrive em 3 partições: 20gb [ntfs] para o windows 20gb [ext4] para o Ubuntu e o resto se torna a sua partição DATA [ext2]. no ubuntu você simplesmente define sua partição de dados como / home, sua partição do ubuntu como /, e as janelas como / windows. nas janelas, você terá que instalar um driver ext e montá-lo constantemente como D: essa configuração funciona muito bem se você usar o Windows apenas de vez em quando, mas é um problema se você usá-lo principalmente.