Para corrigir o problema do Toolkit, certifique-se de estar usando o gcc versão 4.6. Você pode sudo apt-get install gcc-4.6 e então
sudo mv /usr/bin/gcc-4.6 /usr/bin/gcc
(Para desfazer isso depois, você pode mover o outro de volta). Pode haver alguma maneira de fazer isso com opções para o instalador CUDA, mas não consigo descobrir.
Para corrigir o problema de Amostras, você pode colocar um link para onde é esperado:
sudo ln -s /usr/lib/x86_64-linux-gnu/libglut.so /usr/lib/libglut.so