Se eu entendi corretamente, o problema não é com java. O problema está no seu arquivo log4j.xml.
Dentro da classe org.apache.fop.util.ContentHandlerFactoryRegistry, ele teria: logger.error ("Mensagem de erro / exceção") ou logger.debug. . .
algo ao longo destas linhas e está tentando escrevê-lo para o seu registrador que você configurou.
Essencialmente, você quer ter algo como
<logger name="org.apache.fop">
<level value="info"/>
</logger>
no seu arquivo de log que selecionará as mensagens de registro dessa classe.
se você tiver vários anexadores, adicione
<appender-ref ref="appenderName" />
abaixo da tag de nível.