Até agora, a melhor solução foi adicionar um Gerenciador de Arquivos diferente do Centro de Software (pcmanfm).
Isso não tem uma seção de favoritos, mas permite que eu coloque itens como links.
Na minha última instalação do Ubuntu, usando a versão 12.04, meus favoritos não estão lá.
Eu posso ctrl + d adicionar favoritos, mas a parte dos marcadores do nautilus está faltando, então eles não estão aparecendo.
i.e. o painel da barra lateral não possui uma seção de favoritos.
Até agora, a melhor solução foi adicionar um Gerenciador de Arquivos diferente do Centro de Software (pcmanfm).
Isso não tem uma seção de favoritos, mas permite que eu coloque itens como links.
A seção de marcadores não será mostrada até você adicionar um marcador pressionando Ctrl-D ou arrastando e soltando na barra lateral.
Depois de adicionar um marcador, uma seção será criada com o nome Marcadores e mostrará as pastas adicionadas.