Até onde eu sei, uma vez que seu gerenciador de inicialização está corrompido, não há como reverter isso sem um backup. O Windows Repair pode ajudar, mas, como esse não é um problema genérico, talvez não funcione. Mesmo se você pudesse desinstalar o programa via Ubuntu, o que você pode, manualmente, eu não acho que isso irá corrigir o seu erro bootmgr.
Você também pode dar uma olhada aqui . Isso pode resolver seus problemas.