Devido à minha determinação em continuar usando a placa de vídeo da placa-mãe, finalmente consegui descobrir como corrigir esse problema com 12.04 e 12.10.
Eu tenho uma placa de vídeo 9800GT que não estou usando. Eu configurei, inicializei e a resolução era de 1280x1024, que era exatamente o que eu queria. Verificar os drivers me avisa que algum driver nvidia genérico foi usado. Eu desliguei a máquina, liguei a placa de vídeo e inicializei novamente. Voilla, o ubuntu foi sábio o suficiente para manter a resolução em 1280x1024.
Também descobri que este problema com o gma x3100 está começando com 11.04 até o mais recente. Então ... se você tiver o mesmo problema e puder emprestar uma placa de vídeo para plug-in / out simples, você continuará usando seu gma felizmente.