gmsh não será instalado porque o libmed1 também não instalará. O problema é que existe um conflito com versões diferentes do pacote libhdf5 .
Então, para corrigir isso
- Abra o synaptic e procure por libhdf5
- Em seguida, instale o libhdf5-openmpi-1.8.4 , isso removerá alguns dos pacotes libhdf5 e IIRC alguns pacotes oitava-3.2 também.
Depois disso, instalei o libmed1 e assim que terminei, finalmente consegui instalar o gmsh .
Até agora não tive mais nenhum problema relacionado a isso.