O diálogo de configurações de integração (por exemplo, descrito em Como gerenciar "Opções diferentes do Unity WebApps Chromium"? ) na verdade mostra os dois aplicativos para os quais você recusou e permitiu a integração. Basicamente, permite a você reativar uma integração.
Se você remover um determinado Web App dessa lista, não verá o prompt de integração novamente enquanto navega no site?