Isso pode ter a ver com o driver da placa de vídeo. Eu costumava ter problemas como este com uma placa de vídeo baseada em Intel (um laptop Thinkpad). Ele só poderia fazer compiz / fantasia 3D desktop coisas em um dos "tubos" no cartão, e por isso a tela do laptop tinha que ser completamente desligado para que as coisas funcionem corretamente no projetor / monitor secundário.
Se eu fosse você, tentaria isso - conectar um monitor / projetor e ver se ele se comporta de maneira diferente se você desabilitar a tela do laptop fisicamente conectada / montada e só usar o monitor / projeto. Se o problema desaparecer, eu relataria tudo isso como um bug contra o driver da placa de vídeo no Launchpad.