O Ubuntu One mantém um banco de dados de arquivos que ele sincronizou. Se você copiar arquivos da sua pasta Ubuntu One de um computador para outro usando a unidade USB, a base de dados do Ubuntu One não será atualizada. Por isso, sincronizará esses arquivos novamente.
Eu não conheço nenhuma maneira de mexer manualmente com o banco de dados interno do Ubuntu One. Pode ser melhor não copiar arquivos entre computadores que serão sincronizados pelo Ubuntu One.