User um terminal e faça o diretório
mkdir -p ~/.config/indicators/messages/applications-blacklist/
Os arquivos aqui devem ser caminhos para arquivos .desktop que serão bloqueados na inicialização. Os arquivos .desktop em questão estão localizados em
/usr/share/indicators/messages/applications
para que você possa criar links simbólicos a partir desse diretório. Assim
ln -s /usr/share/indicators/messages/applications/menuItem ~/.config/indicators/messages/applications-blacklist/menuItem
removerá menuItem
do menu de mensagens. Executar
ls /usr/share/indicators/messages/applications
para ver quais são os nomes dos arquivos .desktop e procure pelo que menciona o Ubuntu One.
Você pode executar
killall gnome-panel
para ver as alterações imediatamente. Senão, um logout deve funcionar também.