Isso depende do seu controlador de raid que suporta Linux.
O meu faz. É uma solução "FakeRAID"; um que transfere a maior parte do trabalho para a CPU. É suportado por um projeto chamado dmraid . Para permitir a instalação, tudo o que eu precisava fazer era inicializar o live CD, optar pela opção "Try Ubuntu", sudo apt-get install dmraid e depois rodar o instalador.
Você está perguntando sobre o CD alternativo. Eu honestamente não faço idéia de como abordar as coisas dessa maneira com relação ao FakeRAID e nem sei se o seu controlador é FakeRAID porque você não incluiu nenhuma informação. Se é algum tipo de solução na placa-mãe, provavelmente é. Basta pegar o Live CD e fazer as coisas da maneira padrão.