Quando se trata de temperaturas, geralmente há muito poucos sensores em seu computador - é a CPU, o disco rígido ou a placa-mãe (o chipset ou, às vezes, o chip de vídeo). Um PCI é apenas a interface pela qual qualquer um desses componentes está se conectando, então pode ser um deles. Tente instalar um programa chamado sensors para descobrir qual deles está causando o superaquecimento - provavelmente será a CPU.
sudo apt-get install sensors
Existem outros programas que permitem digitalizar e monitorar a temperatura de vários componentes, mas é necessário descobrir qual parte está causando o superaquecimento - xsensors , computertemp , fancontrol , etc. - você pode encontrá-los e instalá-los no Ubuntu Software Center.
Alguns drivers podem fazer com que seus componentes ultrapassem a velocidade normal de inatividade e causem superaquecimento, mas também podem estar no nível do hardware. Avise-me quando descobrir.