Coloque seu comando setpci em /etc/rc.local .
Consulte o link
Eu instalei recentemente o Ubuntu 12.04 com o instalador do Windows. Parece estar funcionando bem, porém a tela é extremamente monótona e não pareço poder ajustar o brilho ... Entrei nas configurações e tentei brincar com o brilho lá, porém não há alteração no brilho aparente se está definido para alto ou baixo no menu.
Estou usando um Acer Aspire 5332 com o Windows 7 Ultimate. Vale a pena notar que o teclado original do laptop não funciona mais, então estou usando um teclado USB (o que significa que não tenho acesso às teclas Fn) ...
Também é importante notar que no modo de recuperação o brilho parece bom, mas a resolução é ruim.
Outra coisa: eu digitei o seguinte (que eu encontrei em um segmento semelhante):
sudo setpci -s 00:02.0 F4.B=00
Isso resolve o problema, no entanto eu tenho que fazer isso novamente após cada reinicialização, há alguma maneira de contornar isso?