2016 O Ubuntu 11.10 não é mais suportado, mas uma instalação normal deve funcionar para todas as versões, contanto que você primeiro desconecte seu HDD interno.
Para personalizar a instalação para se adequar a pendrives, (opcional). Quando a instalação chegar ao particionamento, selecione "Outra coisa".
Deixe a primeira partição FAT32 para que os itens nessa partição possam ser acessados pelo Linux ou pelo Windows.
Faça a segunda partição ext4 e selecione "/" para o ponto de montagem. É aqui que o sistema será instalado.
Opcionalmente, você pode criar uma terceira partição ext2 ou ext4 e definir o ponto de montagem "/ home". Isso pode salvar os dados em sua pasta pessoal durante as atualizações.
Você pode criar uma quarta partição como swap, mas muitas pessoas não usam swap em flash drives, pois têm medo de fazer muitas gravações no pendrive,
Pendrives são normalmente bons para mais de 10.000 gravações, a 50MB / s, isso é um longo tempo, anos ou décadas, dependendo do tamanho pendrive. Os pendrives também usam o nivelamento de desgaste para distribuir gravações na unidade. se alguma vez se desgastar, ficará apenas de leitura e os dados não serão perdidos.
Após o particionamento, continue com a instalação.
Se você estiver OK com uma instalação persistente, tente o mkusb, ele fará uma instalação do Live USB com partições persistentes. left over space é transformado em uma primeira partição do NTFS que o Linux e o Windows podem usar.
Veja Execução de uma instalação a partir de uma unidade flash para comparação entre a instalação Persistente e Completa.