Não, o instalador do WUBI instala o próprio Ubuntu dentro da partição do Windows.
Use o liveCD que você usou para instalar o Ubuntu em primeiro lugar para remover suas partições do Ubuntu. Em seguida, redimensione sua partição do Windows para que ela ocupe toda a sua unidade. (Usando o Gparted, está no menu System)
Em seguida, inicialize a partir do CD de instalação do Windows e selecione o bootloader de reparo (ou algo parecido).
Você pode então instalar o Ubuntu mais recente usando o WUBI ou um liveCD / liveUSB.