Resolvido, mas tive que fazer uma reinstalação completa. Em uma cópia limpa da área de trabalho do Ubuntu 12.04, seguindo as instruções em uma página que eu não consigo encontrar mais eu primeiro purgou a corrente nvidia existente:
sudo apt-get purge nvidia-current
Em seguida, adicionou o repositório bumblebee :
sudo add-apt-repository ppa:bumblebee/stable
Então atualizou e instalou o bumblebee:
sudo apt-get update && sudo apt-get install bumblebee bumblebee-nvidia
Após a reinicialização, tudo funcionou bem