Eu tenho uma resposta para isso, em: link
Eu tenho um desktop do Ubuntu 12.0.4. Eu tenho um laptop Win7 rodando Cygwin. Eu posso exibir janelas da caixa do Ubuntu no laptop Win7 usando o servidor Cygwin X, mas a janela é um pouco "degradada". Especificamente, as barras de rolagem não são renderizadas corretamente. Eu usei o Ubuntu antes, mas esta é a primeira vez que eu vejo esses popups estranhos da barra de rolagem que são usados no 12.04. Eu estou supondo que o servidor Cygwin X está tendo problemas para renderizar isso por algum motivo. Na visão do Cygwin, vejo a barra vertical um pouco mais grossa, mas quando eu passo o mouse sobre ela, nada acontece.
Eu realmente prefiro ter barras de rolagem convencionais. Posso configurar o Ubuntu 12.0.4 para fazer isso, o que pode fazer com que o Cygwin possa exibi-los?