Eu tenho a mesma configuração no meu desktop e laptop e atualizei os dois.
Na minha área de trabalho, usei a iso alternativa para atualizar e após a reinicialização, recebi um erro relacionado ao gnome quando tentei fazer o login.
No meu laptop eu usei o gerenciador de atualização e funcionou perfeitamente. Consegui fazer o login e o gnome-shell ainda era meu ambiente de área de trabalho padrão.
Eu suspeito que ele falhou na minha área de trabalho, porque eu disse a ele para não baixar atualizações enquanto estava atualizando.