Com o GF6800 no Ubuntu 10.04, tenho o mesmo problema. Minha solução alternativa para alterar a velocidade do ventilador da GPU é:
sudo gedit /etc/X11/xorg.conf
na seção "Dispositivo", adicione
Option "Coolbits" "5"
Reinicie o PC. Então você pode controlar a velocidade do ventilador com este comando:
nvidia-settings -a [gpu:0]/GPUFanControlState=1
e depois:
nvidia-settings -a [fan:0]/GPUCurrentFanSpeed=30
em que 30 é um número de 1 a 100% da velocidade do ventilador.
Você pode definir esses dois comandos em Aplicativos de inicialização para serem executados na inicialização, lembre-se se a sua GPU superaquecer.
Felicidades