O gnome-shell-extensions-common depende do gnome-shell-extensions, que já inclui a extensão user-theme, e assim entra em conflito com o pacote gnome-shell-extensions-user-theme. Parece haver algo errado com as dependências nesse repositório.
De qualquer forma, você pode simplesmente instalar o gnome-shell-extensions, que possui a extensão de tema do usuário. Foi o que eu fiz e funcionou.
Altere os temas usando o gnome-tweak-tool.