Se você atualizar seus pacotes constantemente, o sistema operacional deve estar quase estável e, se você fizer isso após o lançamento, todos os seus pacotes serão da mesma versão que um novo.
Se você precisar, pode redefinir os arquivos de configuração do usuário para se livrar de qualquer problema antigo, mas não deve haver diferença entre os pacotes de um sistema atualizado e os pacotes de uma nova instalação.
Para mais informações sobre como fazer isso, por favor, dê uma olhada em