Você não formata uma unidade, formata uma partição, o que não é necessariamente a mesma coisa. Se você quiser que fique em branco, entre e exclua todas as partições nele primeiro. Então você pode começar de novo e criar duas novas partições, e formatar cada uma delas.
Se você tiver um CD inicializável (o CD de instalação normal), poderá inicializá-lo e executar o gparted, que permitirá a você excluir visualmente e criar partições. Ou, eu acho que o gerenciador de disco do Windows também permitirá isso.
Já faz muito tempo desde que eu usei fdisk, então eu não posso realmente ajudar com os detalhes de como usá-lo. Eu uso o gparted agora para a maioria das coisas.