O Ubuntu One armazena arquivos em seu disco e não opera como uma unidade de rede. A leitura do "espaço livre" que você vê no gerenciador de arquivos é a quantidade de espaço livre disponível para a partição do disco em que esse diretório existe. Suas pastas $HOME e $HOME/Ubuntu One devem mostrar a mesma quantidade de espaço disponível, ao procurar no gerenciador de arquivos.