Não, nunca há motivo para se preocupar com vírus no Ubuntu, desde que você o atualize. Se houvesse, uma solução antivírus seria incluída por padrão.
Um daemon é apenas um programa que é executado em segundo plano. Algo aconteceu com um processo que o gerenciador de atualização usa para instalar atualizações. Não é nada para se preocupar. Especialmente se tudo funcionar. Se isso não acontecer, basta executar o gerenciador de atualização novamente.