Bem, como eu acabei de dar a alguém essa resposta há uma hora, espero que você tenha uma configuração de estoque.
Raciocínio:
Quando você faz o download da fonte via apt-get source linux-image-3.0.0-16-generic
ou qualquer coisa que baixe a fonte original do Debian, então o Ubuntu corrige e aplica-os. Teoricamente isso incluiria um .config ...