Se bem entendi, você precisa rodar o Ubuntu e o Windows ao mesmo tempo?
Se for esse o caso, recomendamos que você instale o VirtualBox. É uma solução de virtualização de software livre disponível para Windows, Linux, OS X e Solaris. É bastante amigável e eficiente.
Como o Virtualbox pode ser executado em todas essas plataformas, você pode escolher qual delas terá como sistema operacional principal. No seu caso, eu recomendo rodar o Ubuntu na máquina virtual, porque é muito mais fácil converter para uma instalação "real" depois. Também é geralmente muito mais rápido como um convidado virtualizado do que o Windows. Eu então tentaria usar o Ubuntu o máximo possível, convertendo ferramentas como você é capaz, e então - quando você se sentir pronto - mover o sistema Ubuntu para o próprio host como uma instalação normal. Isso é muito fácil, e você encontrará muitos documentos descrevendo como.
Uma vantagem da execução do Ubuntu como host é que você pode executar a área de trabalho do Windows como um espaço de trabalho sem aparência, o que significa que será mais confortável se você precisar alternar entre eles com frequência. Se você decidir converter a instalação do Windows, verifique suas licenças primeiro.
Se você usa o Windows XP, a conversão é extremamente difícil. O Windows 7 é dito ser mais fácil, mas eu não tentei por mim mesmo. Depois de passar três dias convertendo um simples sistema XP, eu tentei muito evitar evitar fazer isso de novo.