O link brocken no menu do sistema não está causando o problema com a associação de arquivos. Você pode alterar facilmente o arquivo associado padrão clicando com o botão direito do mouse em qualquer PDF e selecionando Propriedades no menu. Escolha a aba Abrir com e você verá o programa padrão também. Você pode alterar o padrão selecionando outro programa na lista de aplicativos recomendados e selecionando Definir como padrão .
Aqui seleciono Definir como padrão, o Okular será configurado para visualizar todos os arquivos PDF de agora em diante até que eu altere o padrão novamente.
Se você quiser abrir seu arquivo PDF com outro aplicativo que não esteja definido como padrão, você pode sempre clicar com o botão direito do mouse em um arquivo e escolher o aplicativo desejado no submenu Abrir com.