Eu tive o mesmo problema. A opção 'launcher capture mouse' no plug-in do Unity Compiz foi desativada? Liguei o meu novamente e a opacidade do painel superior começou a funcionar bem.
Na unidade, defino a opacidade do painel para transparente, então eu faço o seguinte:
E o painel superior muda de preto.
Eu tive o mesmo problema. A opção 'launcher capture mouse' no plug-in do Unity Compiz foi desativada? Liguei o meu novamente e a opacidade do painel superior começou a funcionar bem.