O Eclipse usa a biblioteca Standard Widget Toolkit (SWT) para sua renderização.
SWT suporta vários "backends", o que significa que ele passa seus pedidos de renderização para alguma outra biblioteca nativa.
No caso do Ubuntu, ele usa GTK2 como seu back-end.
Assim, quando o Eclipse solicita SWT para fazer alguma operação gráfica, o SWT solicita GTK2 para fazê-lo.
Mas às vezes o SWT e o GTK2 não funcionam juntos muito bem, e o SWT pode interpretar mal as informações de estilo do GTK2. Você vê, o Eclipse usa alguns designs de widget (como a "barra legal" com a curva) que não são widgets padrão do GTK2. E as personalizações de widget são implementadas no próprio SWT, não no GTK2. Então, o SWT tenta "adivinhar" qual tipo de cor apropriado do GTK2 seria o mais apropriado.
Como o tema do Ubuntu é muito diferente dos temas do GTK2, parece que o SWT está errado sobre as cores pretendidas.
Eu sugeriria olhar pelo Ubuntu Software Center para alguns outros mecanismos GTK2 e / ou temas, como murrine ou clearlooks, e instalá-los. Em seguida, você pode usar gnome-tweak-tool ou selecionar manualmente o tema GTK2 criando um link simbólico de /usr/share/themes/<whatever-theme>/gtk-2.0/gtkrc para ~/.gtkrc-2.0 . Isso deve, esperançosamente, fazer SWT pegar o novo tema GTK2 quando ele renderizar o Eclipse, e você deve pelo menos obter resultados interessantes ;
Desde que o Eclipse Juno não está nos repositórios oficiais do Ubuntu (ou é?!? você me diz!) Eu não acho que isso possa ser considerado um bug do Ubuntu, mas você pode registrar um defeito Launchpad contra o pacote Eclipse se os pacotes integrados do Ubuntu do Eclipse exibirem o mesmo comportamento. Até onde eu sei, os pacotes do Eclipse no Ubuntu 12.04 são para o Eclipse Indigo, o lançamento anterior, porque o Juno não saiu quando o 12.04 foi lançado.