Enquanto pesquisava através deste site, encontrei outras pessoas com problemas semelhantes. Primeiro, atribuí-lo ao gnome-settings-daemon não começando na hora correta, então tentei a correção listada aqui:
Isso não corrigiu o problema, mas se eu fosse matar / relançar gnome-settings-daemon , eu recuperaria o tema gnome.
Um pouco mais de pesquisa e pesquisa na web levou-me a remover o meu arquivo .config/monitors.xml , devido a uma mensagem no login que minha configuração de monitores não estava sendo definida corretamente.
Eu removi o arquivo xml e tudo funciona bem agora. Não há mais ícones do gnome padrão: D