O Nautilus agora segue as configurações locais do usuário, o que significa que ele usará uma vírgula para você, mas um ponto para outro usuário que estiver usando o espanhol como idioma.
Você não pode realmente mudá-lo facilmente. Você pode alterar como os números são formatados para o usuário, mas isso afetará todos os programas. Ou você pode trafegar e compilar a fonte do nautilus para obter o comportamento antigo, mas parece muito trabalho para esse pequeno efeito.