Eu não acho que você deva conceder acesso de superusuário a qualquer coisa.
Sugiro que copie /etc/apt/apt.conf.d/01proxy
para um local que seja gravável pelo seu programa java e, em seguida, crie links simbólicos para ele a partir de /etc/apt/apt.conf.d/01proxy
. Assim:
cp /etc/apt/apt.conf.d/01proxy ~/etc/apt/apt.conf.d/01proxy
sudo ln -sf ~/etc/apt/apt.conf.d/01proxy /etc/apt/apt.conf.d/01proxy