Se esta for a sincronização inicial e você tiver muitos milhares de arquivos, há um bug conhecido no Ubuntu One, que causa alto uso da CPU . Deve, depois de um tempo, cair para níveis normais.
No entanto, se você pará-lo antes de terminar, ele será iniciado novamente.
Uma boa página para problemas com o Ubuntu One é o Bugs Wiki que responde a maioria dos problemas.