Você usa o Oneiric (Ubuntu 11.10) com o autologin no lightdm? Parece similar ao link que acabou de ser corrigido em uma proposta de atualização para o Oneiric, se for a questão da correção deve chegar a atualizações estáveis na próxima semana.
Eu segui as instruções para definir o gnome classic como desktop padrão permanentemente aqui: Como tornar o gnome classic o desktop padrão usando ferramentas de linha de comando?
Mas toda vez que eu reinicio a área de trabalho do ubuntu aparece e o arquivo é alterado de volta.
Como defino o desktop gnome clássico permanentemente?