Francis, eu encontrei exatamente o mesmo problema.
Quando uso o nome de usuário e a senha do Windows, o documento é impresso com êxito, mas é um incômodo porque preciso digitar o usuário / senha para cada documento que imprimo.
Eu resolvi o problema depois de encontrar este relatório de bug . Em resumo, exclua sua impressora e adicione-a novamente, mas certifique-se de usar a combinação correta de usuário / senha pela primeira vez em que é solicitada.
Estou usando o Ubuntu 11.10 Oneiric 64bit.