A versão que você indicou para o Docky provavelmente veio do PPA do Docky Developers .
Como os próprios desenvolvedores dizem - isso é instável - e o que você encontrou é um bug. Você deve arquivar isso como um relatório de erros no Launchpad.
A minha recomendação é que ou você deve ficar com a versão do Docky disponível nos repositórios - ou se você está procurando por algo mais novo, mas "estável", então olhe para instalar a partir do APP com Docky-Stable
Você precisará de ppa-purge , que está disponível se você selecionar o "Backport Ubuntu" em Fontes de Software. Você pode limpar o desenvolvimento PPA docky
sudo apt-get install ppa-purge
sudo ppa-purge ppa:docky-core/ppa
Em seguida, instale o PPA estável
sudo add-apt-repository ppa:docky-core/stable
sudo apt-get update
Depois, você pode fixar gnome-control-center
