O problema é com aplicativos Java e Unity.
Uma opção é seguir isto:
Percebi que existem alguns aplicativos (por exemplo, RubyMine) que não estão integrados ao menu global.
Para o LibreOffice, vi que já existem correções.
Como você faz com que um aplicativo como o RubyMine se integre bem com o Menu Global? Se não houver uma solução atual, o que você precisa fazer para corrigir isso (e devolvê-la à comunidade)?
O problema é com aplicativos Java e Unity.
Uma opção é seguir isto:
Existe uma biblioteca java que tenta forçar o menu global em aplicativos Java Swing. Chama-se jayatana .
Cria o Global Menu para aplicativos Swing, como o NetBeans IDE, IDEs Jetbrains (como PHPStorm, RubyMine, etc), IntelliJ IDEA, Android Studio, etc.
Para 12,04
Veja este tutorial e siga o método OpenJDK ou OracleJDK: link
Para 13.10, 14.04 e 14.10
Em Trusty, Jayatana tem seu próprio PPA:
sudo add-apt-repository ppa:danjaredg/jayatana
sudo apt-get update
sudo apt-get install jayatana
Reinicie o IDE.