Problemas como esses devem ser arquivados como bugs. Desde que eu tive problemas relacionados e foram informados por outros sobre problemas semelhantes, eu arquivei um: link . Você deve aprender como fazer isso, porque é assim que os bugs são corrigidos.
No entanto, a reinicialização do Ubuntu não fará nenhum bem, já que o Nautilus só é executado como seu usuário em qualquer caso. Basta fechar o Nautilus e reiniciá-lo para corrigir todos os problemas. Se isso não acontecer, você pode pressionar alt + f2 e executar killall nautilus , que irá reiniciar o Nautilus completamente. A razão pela qual isso pode ser necessário é que o Nautilus também é usado para exibir ícones em sua área de trabalho, o que significa que simplesmente fechar todas as janelas abertas não irá reiniciar completamente o Nautilus. Mas na minha experiência, esses problemas desaparecem se você simplesmente fecha a janela e a reabre.
Se você puder fornecer previsões confiáveis de quando isso acontecer, adicione um comentário ao tópico do bug.