Se você quer uma área de trabalho 100% GNOME3, então eu acho que não será possível agora no Ubuntu. Você tem duas opções:
1) Viva com esses pequenos problemas por mais alguns meses, então mude para o Ubuntu 11.10 Oneiric onde você terá o estoque GNOME3 + Shell como uma opção.
2) Mude para outra distro como o Fedora até que o Oneiric esteja pronto.
BTW, por que o notify-osd está chegando? No meu caso, as notificações de shell do GNOME vêm com Evolutions. Tem certeza de que as notificações são notificadas? Eles vêm no canto superior direito ou inferior direito?