A tecla XF86Search está definida como Search na seção Launchers do teclado no painel de configuração do sistema. Tente desfazer isso primeiro.
Vá para Configurações do Sistema (ou execute 'gnome-control-center' a partir de uma linha de comando). Selecione "Teclado" - > 'Atalhos' - > 'Lançadores', em seguida, selecione Pesquisar e pressione Backspace para limpar o atalho.
Não tenho ideia se isso consertará seu problema, mas vale a pena tentar.