Como parte da maneira como uma entrada é destacada, o nome é cercado por uma barra laranja como uma indicação visual adicional de qual item foi selecionado e para chamar atenção para o nome do item selecionado, o que pode ajudar a diferenciar de outros itens semelhantes.
Você pode perceber esse mesmo comportamento para arquivos mostrados em qualquer lugar do nautilus: o nome é cercado por um retângulo arredondado (isso é mais claramente definido como a forma de itens com nomes muito longos, preferencialmente contendo espaços).
Esse comportamento pode ser alterado selecionando um tema alternativo no painel de controle Aparência. Observe que temas alternativos também podem destacar o nome do ícone, mas talvez de uma maneira diferente ou em uma cor diferente.
Por outro lado, se eu tiver interpretado mal sua pergunta e você tiver uma linha laranja fina aparecendo perto de qualquer coisa que você selecionar e ficar lá por um tempo quando selecionar outra coisa, provavelmente você encontrou um bug de atualização de exibição de algum tipo: por favor, relate-o como um bug contra o nautilus (nautilus pode não ser em última análise, a culpa, mas é essencial para a replicação, e vai ajudar a encontrar o bug real).