O botão direito do mouse com Two Fingers funciona com o trackpad Magic por padrão no Ubuntu 11.04. Em Preferências do Mouse, no Painel de Controle, você também encontrará uma guia "Touchpad" com mais opções de configuração.
Tente remover todas as entradas do trackpad do arquivo /etc/X11/xorg.conf. Algumas configurações que eram necessárias para versões anteriores do Ubuntu não são necessárias para que o Magic Trackpad funcione e algumas configurações herdadas causam problemas inesperados como o seu - os cliques esquerdo e direito não funcionam como esperado.