A compilação de programas a partir do código-fonte normalmente não adiciona atalhos e links para esses programas na interface do usuário, principalmente eles criam um link para o binário compilado em /usr/bin
para que o usuário possa digitar o comando do programa no terminal e comece a usá-lo imediatamente, mas ícones, atalhos na área de trabalho, bons links de menu não serão incluídos, a menos que o programa tenha sido feito depois de compilado.
Os ícones provavelmente estarão na pasta do aplicativo compilado, sua parte do código-fonte na maioria das vezes e serão copiados, mas isso não significa que sua instalação costumava criar atalhos e menus.
Pacotes que vêm do apt ou do software center são projetados para criar esses links e atalhos usando os ícones fornecidos no programa de um ícone de tema para o aplicativo.
Pense nos pacotes (deb, rpm, etc) como archives com instruções sobre onde e como criar links, colocar arquivos de configuração, modificar outros arquivos para integração. No Windows, se você quiser usar um software que você tem que usar e instalador que fará o mesmo (ou seja: se você instalar o Firefox no Windows) para você. A outra opção é usar binários compilados sem um instalador, o que significa que o programa está lá, funcionará perfeitamente mas sem links, atalhos, a integração será feita automaticamente para você.
Um exemplo disso é o firefox e o firefox portable, o primeiro que você baixar, executa o instalador que criará os arquivos e links e integrará o programa ao seu sistema operacional, o segundo abrirá, rodará, permitirá que você use o programa completo sem limitações, mas sem links, sem integração, sem links, etc, você precisa executar o binário compilado e pronto.
Então, se você quer ter integração com o seu desktop Ubuntu você precisa usar os pacotes pré-compilados e montados (arquivos deb, ou arquivos do instalador para Ubuntu / Debian), seja baixando-os ou usando o apt ou tudo manualmente usando binários fonte ou compilados para o seu sistema. O mais fácil e mais comum é usar os arquivos .deb, pois eles fazem todo o trabalho desagradável para você.